Francisco de Herrera el Viejo realizó la decoración de yesería y pinturas al fresco, que representan vidas de santos de la orden franciscana, de los muros exteriores, decoración que materializaron Juan Bernardo de Velasco y Juan de Segarra. También destacan algunos cuadros de Zurbarán.

El retablo mayor, del siglo XVIII, presenta esculturas de ángeles y santos, en su mayoría franciscanos, así como relieves de la vida de la Virgen. La orfebrería es abundante, destacando pequeñas piezas rococó, neoclásicas o modernas, de grandes dimensiones. Entre los objetos más destacados hallamos las coronas de la Virgen del Patrocinio y del Niño, de finales del siglo XVII. Del estilo rococó se conservan unas sacras y unas vinajeras, cuya bandeja lleva la marca del platero sevillano Vicente Gargallo. Desde su interior sale en procesión el Viernes Santo la Soledad de Buenaventura.