Con la llegada de los Almorávides muchos de los sillares que formaban el Alcázar fueron utilizados en la construcción de numerosas obras (Torre del Oro, nueva Mezquita mayor). Los Almohades convierten la ciudad de Sevilla en la capital del nuevo imperio magrebí. Construyen parte del área ocupada por el Palacio de "Al-Muwarak", el Jardín del Crucero, actual Patio de la Consejería de Obras Públicas y Transportes de la Junta de Andalucía, sita en la Plaza de la Contratación. El Rey Alfonso X el Sabio, construye tres grandes salones góticos en el interior del Alcázar que constituirían el llamado Cuarto del Caracol. Alfonso XI construye la Sala de Justicia a mediados del siglo XIV tras su victoria de la batalla del Salado.
Don Pedro I de Castilla, llamado el Cruel o el Justiciero construye un nuevo Alcázar, apoyándose en las viejas estructuras anteriores. En el Palacio son utilizados los elementos de decoración musulmana: techumbre de madera, decoración de lacerías, paredes con alicatados y decoración en yeso de atauriques.
El Patio de las Doncellas se dispuso con arcos decorados con paños de Tsebka sobre una estructura de arcos lobulados de origen Cordobés, que descansaban sobre columnas de acarreo, todo ello coronado por un alero de madera muy nazarí (reconstruido).
Con Isabel II, se abre un corredor que comunica directamente con la entrada del patio. Hoy está tapiada y cubierta por un tapiz.
En el siglo XVI con motivo de la boda de Carlos V con Isabel de Portugal, se producen una series de reformas de las que destacan el cambio de los pilares donde apoyan los arcos lobulados del Patio de las doncellas por pares de columnas de mármol, introducción de elementos decorativos renacentistas, la reconstrucción de la parte alta, la traza de una nueva techumbre en el "Salón de Carlos V", la remodelación del palacio gótico de Alfonso X y obras en los Jardines.
Al Patio de las Doncellas se abren las tres principales estancias: los salones de Embajadores, de Carlos V y Dormitorios de los Reyes Moros.
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